高烧是最早出现的症状
人在感染病毒以后，不是立即发病而是潜伏10~14天左右。发病以后跟据病情的发展大体可以分为三期：
初期 病情来的很急，刚开始发烧不太严重，体温为38°C左右，但1~2天以后体温可高达39~40度。同时出现头疼、倦怠、嗜睡、恶心、呕吐等，脖颈有轻度的僵直，肢体抽搐。
极期 发病极期大约会持续5-7天，在此期各种症状加重：高烧持续、嗜睡加重、意识模糊甚至昏迷，病人反复惊厥，可有强直性瘫痪，患者还经常出现脑膜刺激征、腱反射亢进、巴氏征阳性，腹壁反射及提睾反射多消失。重症者腱反射和浅反射消失，可发生呼吸衰竭，循环衰竭和脑疝等。
恢复期 一般发病2周后进入恢复期，体温开始下降，神志逐渐清醒，部分病人有低温、多汗、语言障碍、吞咽困难、肢体瘫痪、精神异常和癫痫等。
并不是所有的患者都会出现三期，有些患者发病较轻，有些患者发病较重，一般来说流行早期病情较重，患者多为重型或暴发型，流行晚期则以轻型居多。患者发病6个月以后仍遗留神经精神症状就称为后遗症。根据病情轻重以及有无后遗症可分为四期：
轻型 患者神志清楚，没有惊厥，轻度头痛、恶心、呕吐、嗜睡，也没有明显脑膜刺激征，病程为5-7天。
中型（普通型） 患者出现嗜睡、昏睡、浅昏迷，有脑膜刺激征，腹壁反射和提睾反射消失，偶尔可有短时抽风，体温高达39-40°C，病程7-10天，但痊愈后没有后遗症。
重型 患者持续高热达40°C以上，出现昏迷、反复或持续性惊厥、脑膜刺激征明显且颅内压增高，深、浅反射消失或亢进，病理反射阳性，病程2周以上，少数患这出现后遗症。
暴发型 体温突升达41°C以上，很快进入深昏迷，持续不断地惊厥，可发生脑水肿、脑疝及呼吸衰竭，患者多在3-5天内死亡，幸存者可有严重后遗症。
